متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
«بسم الله الرحمن الرحیم
درگذشت عالم پارسا و با اخلاص جناب حجت‌الاسلام آقای حاج سید یحیی جعفری رحمهًْ‌الله‌علیه را به عموم مردم عزیز کرمان و ارادتمندان آن مرحوم و به خاندان مکرّم و معزّز ایشان تسلیت عرض می‌کنم. سال‌ها خدمت به مردم در مسئولیت‌های گوناگون و شئون متعدد روحانی، همراه با صفا و صدق در گفتار و رفتار، شاخصه این شخصیت عزیز و مُعتمَد بود. رحمت و رضوان الهی را برای ایشان
مسألت می‌کنم.
سید علی خامنه‌ای
۲ آذر ۱۳۹۹»